Il monastero è documentato già in epoca carolingia e riutilizza in parte alcuni edifici romani; ancora oggi fanno parte del complesso una torre poligonale, resto delle antiche mura di Massimiano, e un’altra quadrata, che in origine faceva parte del circo romano.
La costruzione della chiesa attualmente esistente ebbe inizio nel 1503, come è inciso su una pietra ritrovata nell’abside. Perduto qualsiasi documento inerente la sua progettazione, è attibuita dalla critica all’architetto e scultore Gian Giacomo Dolcebuono, coadiuvato dall’architetto Giovanni Antonio Amadeo, al tempo responsabili della costruzione del tiburio del duomo di Milano, e attivi anche alla certosa di Pavia e alla chiesa di Santa Maria presso San Celso. L’edificio fu completato in pochissimi anni, tanto che nel 1509 vi furono già collocate le prime lapidi sepolcrali.L’imponente decorazione ad affresco, che rese celebre il tempio, lodato da Ruskin e da Stendhal, fu iniziata nel secondo decennio del cinquecento da autori della scuola di Leonardo da Vinci, impegnato in quegli anni a Milano alla Vergine delle Rocce, quali forse Giovanni Antonio Boltraffio.
L’impresa maggiore fu finanziata dalla potente famiglia dei Bentivoglio, cui appartenevano Alessandro, governatore di Milano e figlio del Signore di Bologna Giovanni II Bentivoglio, e della moglie Ippolita Sforza, figlia del Duca di Milano Ludovico il Moro. Quattro delle loro figlie furono destinate al convento di san Maurizio, e Alessandra ne fu per sei volte badessa.
A seguito dei bombardamenti della II guerra mondiale, fu abbattuto anche il secondo chiostro, e il complesso fu adibito a sede del Civico museo archeologico di Milano.
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